青色申告とは、「事業所得」、「不動産所得」または「山林所得」を生ずる業務を行っている人が、青色申告の申請をして、毎日の取引を正確に記帳し、その記録にもとづいて所得金額や税額を計算し、確定申告して納税する制度です。
白色申告と比べ、税法上数々のメリット（青色申告の特典）を受けることができ、所得税と個人住民税の負担が少なくなり節税につながります。
納税者にとって安心できる申告納税制度が青色申告です。

事業所得または事業的規模の不動産所得のある人で、正規の簿記の原則（一般的には複式簿記）にしたがってこれらの所得に係る取引を記録している人は、期限内申告等一定の要件のもとで65万円の青色申告特別控除を適用することができます。

その他の青色申告者には10万円の青色申告特別控除が適用されます。

不動産所得、事業所得または山林所得のある青色申告者と生計を一にする配偶者その他の親族（15歳未満の人を除く）で、專らその事業に従事している人に支払う給与について、税務署に一定の届出をおこなうことによって、その仕事の内容や従事の程度などからみて適正な金額が、青色事業専従者給与として全額必要経費になります。

※白色申告の場合は、事業専従者控除として最高50万円、配偶者専従者は最高86万円を控除することができます。

期限内申告等一定の要件のもとで、その年の所得が赤字（純損失）の場合には、その赤字の金額を翌年以降3年間にわたって、順次各年分の黒字の所得から控除することができます。また前年分も青色申告をしているときには、その年の純損失の金額の全部または一部を、前年分に繰戻して前年分の所得税額の還付を受けることができます。

※白色申告の場合は、純損失の金額のうち変動所得または被災事業用資産の損失に限って純損失の繰越控除ができますが、純損失の繰戻還付の適用はありません。

青色申告者に税務署が更正をおこなう場合は、原則として帳簿書類を調査して誤りを具体的に示さなければ更正できないこととされています。また更正をする場合でも、原則として通知書に更正の理由を記入することが必須とされています。

更正について不服がある場合は、税務署長に対して異議申立てをするか、異議申立てをしないで国税不服審判所長に審査請求するかを選択することができます。

※白色申告者の場合は、推計により更正を受けることがあります。また、更正の理由の付記は必須ではありません。

青色申告者が平成18年4月1日から令和4年3月31までの間に取得価額10万円以上30万円未満の減価償却資産を取得し業務に使用した場合は、少額減価償却資産として、その取得価額の合計額のうち、300万円に達するまでの金額をその年の必要経費とすることができます。

青色申告者が棚卸資産の評価をする場合、あらかじめ選定している方法で評価した棚卸資産の額と、その年の12月31日において通常取引されている仕入価格（時価）で評価した棚卸資産の額を比較して、いずれか低い方の金額を棚卸資産の額とすることができます。